泄殖孔，巨头蛋龟的泄殖孔位置在尾巴上方，形状呈长条型；体积背甲，公鸡腹部平坦中央没有凹陷，母鸡身材稍扁；腹甲，雄性巨头蛋龟的腹甲会向内陷，雌性巨头蛋龟则较为平坦。
1、泄殖孔
巨头蛋龟的泄殖孔也是尾尖最大的一个孔，形状呈长条型，且距离肛门不远。 从泄殖孔可以看到，雄性巨头蛋龟的腹甲由外圆形突起而去，母鸡的胸鳍突出，并且腹甲后缘略微向内凹陷。
2、体积背壳
若想要区别巨头蛋龟的公母，需先观察其腹甲与母龟的腹甲，公鸡腹部的体积和背甲接近，并且腹甲后缘略微向内凹陷，说明它们的生殖器已经发育完成。 而雄性巨头蛋龟的体积较小，只能勉强达到腹甲的水平线。
3、腹甲
若将巨头蛋龟分开来饲养时，需先检查腹甲腹甲的花纹与背甲之间是否存在裂痕，腹甲后缘较为平滑，花纹密集;腹甲前缘光滑细腻，摸起来柔软，还可放置一盆湿润的河沙。
尾巴，公龟体型较小且尾巴细长，雄龟的尾巴根部离泄殖孔距离远；腹甲形状，雌性巨头蛋龟背甲短、躯干近似于鳄鱼的大小，并且还带有一定弧度；腹甲花纹，雌性巨头公龟腹部花纹密集、图案模糊。
1、尾巴
区分巨头和母龟可以看尾巴来辨别公母。 首先需要区分母龟与生俱来的腹甲形状，雌性巨头的尾巴根部离泄殖孔比较远，离泄殖孔的距离相对较近，形成了鲜艳的对比。 其次也能通过观察尾巴得出巨头的年龄特征，雄性巨头的腹甲中央略像内凹陷下去，雌性则呈平面状。
2、腹甲形状
区分巨头和母龟最为直接的方法就是观察腹甲花纹，一般在饲养乌龟时，都会发现它们腹甲上有明显的两块腹甲花纹，而雌性的腹甲上有明显的两块腹甲花纹。 此外，雄性乌龟的胸鳍突起较高，腹甲盾片的锯齿状明显，看起来十分漂亮。
3、腹甲花纹辨别方法
还可以通过观察腹甲花纹来区分公母，正常情况下，雌性乌龟的腹甲会向后凹陷，雄性乌龟的腹甲会呈现圆润的椭圆形。 并且还有着不规则的黑色斑点，从腹甲上看，公龟腹甲的颜色会逐渐加深，母龟的腹甲颜色会变浅。
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